Le score de risque polygénique, qu’est-ce que c’est ?
- Définition SNP et score de risque polygénique
Chez les humains, 99,9% des éléments constitutifs de l’ADN sont les mêmes, mais un SNP (polymorphisme nucléotidique unique, prononcé « SNIP ») est un élément constitutif unique. Ce sont ces SNP qui donnent notre apparence unique et nous différencient les uns des autres, mais ils peuvent aussi être liés à un risque accru de certaines maladies comme le cancer du sein. Contrairement aux gènes bien connus du cancer du sein BRCA1 et BRCA 2, qui sont très rares dans la population mais confèrent un risque important de cancer du sein tout au long de la vie allant jusqu’à 60-90% s’ils sont présents, les SNP sont beaucoup plus courants dans la population générale et chaque SNP confère une légère augmentation du risque de cancer du sein.
Les chercheurs identifient des SNPs associés à des maladies complexes en comparant les génomes d’individus avec et sans ces maladies. L’énorme quantité de données génomiques désormais disponibles permet aux chercheurs d’identifier quels SNPs sont plus fréquents dans des groupes de personnes atteintes d’une maladie donnée. Il peut y avoir quelques dizaines, centaines, voire milliers de SNPs lié au risque d’une maladie. Dans le cancer du sein, quelques centaines de SNPs ont pu être identifiés jusqu’ici.
Une fois identifiés, les SNP associés au risque de développer une maladie sont ensuite combinés au sein d’un score de risque polygénique ou PRS pour Polygenic Risk score, qui reflète le risque génétique de l’individu.
- Comment obtient-on un PRS ?
Les SNPs sont analysés dans un laboratoire de génétique, généralement à partir d’un prélèvement salivaire. Les SNPs analysés sont ensuite combinés grâce à une formule statistique pour obtenir le PRS qui se présente comme une donnée numérique. Le PRS indique comment le risque d’une personne se compare à celui d’autres personnes ayant une constitution génétique différente.
Par exemple : Anne a un score PRS égal à 1,0 ; Marie à 2,0 ; et Justine à 0,5. Anne n’a pas de sur-risque particulier car son PRS est égal à 1,0. C’est la valeur référence du PRS. En revanche, Marie voit son risque multiplié par 2. Quant à Justine, elle a un score PRS inferieur à 1, elle voit son risque de développer la maladie être diminué et divisé par 2.
- Utilité clinique du score de risque polygénique dans le cancer du sein
Le PRS est ensuite combiné à un questionnaire sur les données cliniques pour fournir un risque absolu de développer un cancer du sein sur une période de 5 à 10 ans, ce qui doit permettre de stratifier les femmes selon différents niveaux de risque et d’adapter les examens de dépistage afin de détecter la tumeur le plus tôt possible au cas où elle survenait.
Comprendre comment les scores de risque polygénique peuvent avoir un impact sur la prévention et le dépistage est un domaine de recherche très actif aujourd’hui.
Des sociétés privées comme Predilife en France ou Genetype aux États-Unis proposent déjà des tests intégrant des PRS pour prédire le risque de cancer du sein chez les femmes de la population générale et aider les médecins à guider les décisions de suivi de dépistage pour leurs patientes.
- PRS et histoire familiale de cancer du sein
Les dernières études dans le cancer du sein montrent que le PRS est relativement indépendant de l’histoire familiale et qu’il ne se transmet pas directement. Il est une donnée personnelle et à évaluer pour chaque individu.
